MNIM este o instituţie specifică, de cercetare empirică în domeniul istoriei, muzeologiei, arheologiei, de teoretizare a experienţei
şi practicilor muzeale, dispune de un colectiv de cercetători bine pregătiţi care, fiind angajați în două sectoare, Arheologie și Istorie și Muzeologie, activează în cadrul unor proiecte naționale de cercetare (PAMCIP, Programul de Stat (2020-2023), cifru 20.80009.0807.43) programe europene de cercetare (COST). Prin programele de cercetare încare sunt implicați, cercetătorii MNIM asigură valorificarea rezultatelor prin diverse forme ştiinţifice: determinarea calităţii ştiinţifice ale diverselor categorii de bunuri muzeale în scop de valorificare ştiinţifică şi prezentare publică; modernizarea procesului de evidenţa ştiinţifică a diverselor categorii de piese muzeale prin digitizare, contribuind la crearea Registrului naţional al patrimoniului cultural naţional mobil ; - sporirea conştientizării importanţei instrumentelor digitale pentru cercetarea şi promovarea patrimoniului; democratizarea accesului societăţii, publicului la patrimoniul muzeal prin realizarea şi publicarea rezultatelor valorificării ştiinţifice a patrimoniului muzeal – monografii, repertorii, cataloage de colecţii, etc; - lărgirea parteneriatului ştiinţific al muzeului la nivel naţional şi internaţional în scopul cercetării şi valorificării patrimoniului muzeal; -identificarea unor noi modalităţi de valorificare şi prezentare a patrimoniului în scop ştiinţific, educativ, cultural; - sedimentarea unor concepte coerente, adecvate şi progresiste în sfera valorificării patrimoniului muzeal; - promovarea patrimoniului muzeal în societate şi peste hotare printr-un amplu program de valorificare ştiinţifică şi publică.