Scopul principal al IMSP IMC este fortificarea sănătății populației Republicii Moldova prin organizarea și asigurarea asistenței medicale, bazate pe tehnologii medicale de performanță, prestarea serviciilor medicale cost-eficiente și calitative, precum și efectuarea cercetărilor științifice în domeniul medicinii.

Structura organizatorică a instituţiei constituie din aparatul de conducere cu director, vicedirector cercetare, inovare și transfer tehnologic, secretar ştiinţific şi şefi ai laboratoarelor ştiinţifice.